Natürlich darfst du das verwenden... Ist ja immerhin auch schon eine Kunst eine wissenschaftliche, in englischer Sprache verfasste Arbeit zu verstehen und den Inhalt in ein Programm umzusetzen! Schließlich muss das Rad ja nicht immer neu erfunden werden ;) Naja der Algorithmus nackt da hingeschrieben wird wohl nicht ganz reichen - ich würde zumindest zeigen, dass ich verstanden habe, was ich gerade schreibe/verwende.
Und wenn man die Papers aus dem Internet in einem Unterverzeichnis hat und nur die eigene Doku im obersten? Ich fürchte, man findet die Artikel irgendwann nicht mehr im Netz (meine Erfahrung). Zur Not könnte man auch die Extension nur für die Papers ändern, z.B .pdf -> .renToPdf.
Für euch wäre es doch sicher eine Kleinigkeit, euer Script zum Ausdrucken der pdf-Dokus so zu modifizieren, dass es nur das erste gefundene (beginnend im obersten Verzeichnis mit Breitensuche) ausdruckt und falls ihr dann später in Ausnahmefällen feststellt, dass das nicht die Doku ist, den Druck der Doku aus dem entsprechenden Archiv noch nachträglich veranlasst.